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ChIP简介:

ChIP是染色质免疫沉淀技术(Chromatin ImmunoPrecipitation assay)的简称,属于免疫沉淀技术的一种,用于检测蛋白质与DNA的相互作用。

染色质免疫沉淀技术的一个重要用途是研究某个转录因子A(可以是发生某些特定修饰,如磷酸化、乙酰化等修饰的蛋白)是否调控其预期靶基因B的特定转录调控区(主要是启动子区域)。下面就以利用ChIP研究转录因子对基因的调控为例进行阐释。



检测水平:

转录水平调控



原理及操作流程:

染色质免疫沉淀技术的原理及一般操作流程为:

1. 在活细胞状态下,使用交联剂(常为甲醛)将蛋白质-DNA复合物固定下来;

2. 然后通过理化方法(常为酶消化法或者超声破碎)将这种复合物中的DNA随机切割为一定长度范围内的染色质小片段;

3. 继续使用蛋白质A的特异性抗体I(一般要求ChIP级别)处理,将含有蛋白质A的蛋白质-DNA片段特异性标记;

4. 再利用一种可以结合抗体的Protein A(一般偶联到分选柱和磁珠上,便于分离),将含有抗体的复合物从作用体系中富集分离出来,未被抗体标记的蛋白质-DNA则被洗脱去除;

5. 将得到的抗体-蛋白质-DNA复合物解交联,纯化富集其中的DNA片段;

6. 利用针对目的基因B转录调控区的特异性引物(一般设计多个位点,覆盖多个区域)进行PCR(以前多为半定量PCR,现在随着设备的升级,使用荧光定量PCR也逐渐普及)等手段检测,如果其中有PCR检出阳性则表明蛋白质A可以与基因B的转录调控区有结合(可以是直接也可以是间接结合,具体区分还需要进行进一步的EMSA检测),而具体的结合位点就在引物覆盖区域及其周边位置。


ChIP原理及操作示意图

ChIP原理及操作示意图

ChIP-on-chip衍生技术:

ChIP-on-chip有时也称ChIP-chip,要注意其中的大小写因为它们代表的意义不同,其中前一个ChIP表示染色质免疫沉淀技术,后一个chip表示基因芯片技术。与普通的染色质免疫沉淀技术的最大区别在于,染色质免疫沉淀技术主要用于蛋白质和DNA两者都已经明确的情况下,研究蛋白质A和目标基因B之间的结合关系;而ChIP-on-chip则用于只给定蛋白质A寻找它可能结合的靶基因,可以得到与蛋白质A结合的DNA片段集合,一般用于筛选一个蛋白的下游靶基因。


ChIP-on-chip原理及操作示意图

ChIP-on-chip原理及操作示意图
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共 1 个关于【染色质免疫沉淀技术(ChIP)简介、原理及ChIP-on-chip衍生】的回复 最后回复于 2014-4-7 11:31

清风游荡 发表于 2014-4-7 11:31:52 | 显示全部楼层
原理讲的很清楚,学习了
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