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去除基因组污染(gDNA Eraser),TaKaRa反转录试剂盒推介


去除基因组污染(gDNA Eraser),TaKaRa反转录试剂盒推介

去除基因组污染(gDNA Eraser),TaKaRa反转录试剂盒推介

为了准确地进行基因表达量分析,必须满足只有cDNA作为模板检出的先决条件,但Total RNA中常常混有基因组DNA,并可以直接作为PCR反应的模板进行扩增,因此会造成解析结果不准确。为了避免这种情况发生,通常将检测用引物设计在内含子前后的外显子上,使基因组DNA得不到扩增。但是,此方法不适合具有单个外显子的基因或两个外显子之间所跨的内含子过小的基因,同时当基因组上有伪基因存在时、或设计引物对基因组有非特异性扩增时、以及基因信息没被完全解析的生物种等也同样不适合于本方法。在这种情况下,我们常常需要对Total RNA样品进行DNase I处理,以除去残存的基因组DNA。而DNase I处理通常要进行复杂的纯化操作,同时会造成RNA的降解和损失。


PrimeScript RT reagent Kit with gDNA Eraser是可以除去基因组DNA进行Real Time RT-PCR反应的专用反转录试剂。Kit中使用了具有较强DNA分解活性的gDNA Eraser,通过42°C,2 min即可除去基因组DNA。同时由于反转录试剂中含有抑制DNA分解酶活性的组分,经过gDNA Eraser处理后的样品可以直接进行15 min的反转录反应合成cDNA,因此,20min内即可迅速完成从基因组DNA去除到cDNA合成的全过程。


使用本制品合成的cDNA适用于SYBR Green分析法和TaqMan探针分析法,可以根据实验目的,选择与SYBR Premix Ex Taq II(Tli RNaseH Plus)、Premix Ex Taq(Probe qPCR)等定量试剂组合使用。


● 试剂盒外必备材料
  • 热循环仪(或37℃水浴,42℃水浴和85℃加热块)
  • 反转录反应所用0.2 ml和1.5 ml的微量反应管
  • 微量移液器和枪头(高压灭菌)

● 保存: -20℃。

● 优点特长
1. 含有去除基因组DNA的gDNA Eraser,只需2 min即可除去基因组DNA。
2. 只需15 min即可高效合成Real Time PCR反应用模板cDNA,是进行2 Step Real Time RT-PCR反应的最佳试剂。
3. 反转录引物使用了Random 6 mers和Oligo dT Primer混合的RT Primer Mix,可以均匀合成样品中的各种cDNA。
4. 本制品提供了SYBR Green分析法和TaqMan探针分析法各自最适反应体系,可以根据分析方法选择体系。 SYBR Green分析法和TaqMan探针分析法区别如下:
    a. 反转录反应中RT Primer Mix的用量。
    b. 反转录反应中总RNA的用量。
5. Real Time RT PCR定量需要建立标准曲线,建立标准曲线的条件就是需要将总RNA和反转录cDNA稀释到较低的浓度。如果用水或TE Buffer稀释时,由于模板浓度低不稳定,因而会缩小曲线范围,结果精度降低。本制品中附加了标准曲线制作用稀释液EASY Dilution(for Real Time PCR),将Total RNA或cDNA稀释至低浓度时也能够进行准确稀释,容易在宽广范围内获得准确定量的标准曲线。


● 使用注意事项
以下为使用本试剂盒时的注意事项,使用前一定认真阅读。
1. 当同时需要进行数次反应时,应先配制各种试剂的混合液(Master Mix;其中包括RNase Free dH2O、Buffer、酶等),然后再分装到每个反应管中。这样可使所取的试剂体积更准确,减少试剂损失,同时避免重复分取同一试剂。而且也可以减少实验操作或实验批次之间产生的误差。
2. gDNA Eraser和PrimeScriptRT Enzyme Mix I在使用前要小心地离心,以收集到反应管底部。由于酶保存液中含有50%的甘油,粘度高,分取时应慢慢吸取。同时,要使用精确、量程适合的移液枪,并且不要使Tip插入液面过深,否则会因Tip壁粘着造成损失,而使酶量不足。
3. 5×gDNA Eraser Buffer和5×PrimeScript Buffer 2(for Real Time)在使用前需Vortex振荡混匀,轻轻离心后使用。
4. 分装试剂时务必使用新的枪头(Tip),以防止样品间交叉污染。


● 操作方法
1. 去除基因组DNA反应
    a. 按如下成分于冰上配制反应混合液,为了保证反应液配制的准确性,进行各项反应时,应先按反应数+2的量配制Master Mix,然后再分装到每个反应管中,最后加入RNA样品。

试剂使用量
5×gDNA Eraser Buffer2.0 μl
gDNA Eraser1.0 μl
Total RNA*1
RNase Free dH2Oup to 10 μl

    b. 配制好的反应液,置于42℃ 2 min(或者室温5 min*2),然后置于冰浴或4℃

2. 反转录反应
a. 反应液配制请在冰上进行。为了保证反应液配制的准确性,进行各项反应时,应先按反应数+2的量配制Master Mix,然后再分装10 μl到每个反应管中*3。轻柔混匀后立即进行反转录反应。

试剂
使用量
SYBR Green qPCR法
TaqMan Probe qPCR法
步骤1的反应液
10.0 μl
PrimeScriptRT Enzyme Mix I
1.0 μl
RT Primer Mix *4
1.0 μl
4.0 μl
5×PrimeScript Buffer 2(for Real Time)
4.0 μl
4.0 μl
RNase Free dH2O
4.0 μl
1.0 μl
Total
20 μl*5

b. 配制好的反应液,置于37℃反应15 min*6,继之以 85℃反应5 sec ,然后置于冰浴或4℃*7

*1:20 μl反转录反应体系中,SYBR Green qPCR法最多可使用1 μg的Total RNA,TaqMan Probe qPCR法最多可使用2 μg的Total RNA。
*2:室温反应时,可以延长至30分钟。
*3:若不配制Master Mix,向步骤1的反应液中添加试剂时,要先加入RNase Free dH2O和5×PrimeScript Buffer 2 (for Real Time)混合均匀,以使gDNA Eraser的活性充分受到抑制,再添加RT Primer Mix、PrimeScript RT Enzyme Mix I,轻轻混匀进行反转录反应。
*4:使用RT Primer Mix可以高效合成cDNA。因为实验目的不同,也可以不使用RT Primer Mix,而选择Oligo dT Primer或Gene Specific Primer进行反转录反应,引物使用量如下: Oligo dT Primer 50 pmol/20 μl反应体系 Gene Specific Primer 5 pmol/20 μl反应体系
*5:反转录体系可以根据需要相应扩大。
*6:使用Gene Specific Primer时,建议反转录反应条件设置为42℃ 15 min。PCR反应有非特异性扩增时,将温度升到50℃会有所改善。
*7:合成的cDNA需要长期保存时,请于-20℃或更低温度保存。

注意:
1) 在反转录反应中,SYBR Green qPCR法的RT Primer Mix 用量为1 μl,TaqMan Probe qPCR法的用量为4 μl。
2) 得到的RT反应液加入到下一步的Real Time PCR反应体系中,其加入量不要超过 Real Time PCR反应体积的1/10(V/V)量。


以上内容选自TaKaRa,转载实为方便查阅,该试剂盒中可以很方便地去除基因组是个亮点,也因此受到大家的青睐。
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共 0 个关于【去除基因组污染(gDNA Eraser),TaKaRa反转录试剂盒推介】的回复 最后回复于 2013-5-20 20:58

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