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        6月28日,国际学术期刊NatureCommunications 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组实验室赵方庆团队题为Comprehensive identification of internal structure and alternativesplicing events in circular RNAs 的最新研究成果。该研究采用计算与实验相结合的手段,首次深入探索了环形RNA内部结构并发现四种普遍存在的可变剪接类型,指出环形RNA的可变剪接可能具有与mRNA剪接不同的调控机制。

  近年来的研究表明环形RNA在动物细胞内普遍存在,其中一些种类承担着重要的生物学功能。最新研究发现个别环形RNA并非完全由已知外显子组成,可能具有特殊的内部结构。相对于mRNA,环形RNA表达量低并与前者在基因组位置上有较大重叠,所以此前环形RNA的识别研究都集中在环形接合位点的检测上,而尚无高通量手段对环形RNA的内部结构和可变剪接进行全面探索,这极大限制了科研人员对环形RNA组成及结构的认识。基于此,赵方庆课题组开创性地提出基于环形RNA接合位点测序读段对(back-spliced junction readpairs)的分段比对特征,进行了精确识别环形RNA外显子结构和可变剪接事件的研究。结合长读段测序分析和实验验证,该研究组全面调查了10种人类细胞系以及62种果蝇不同组织和发育时期样品中环形RNA内部结构特征。他们的研究发现,可变剪接事件在环形RNA内部普遍存在,在定位上具有明显的核内倾向,同时表现出组织和发育阶段特异的表达模式。特别是,他们所发现的可变剪接在相对丰度上与mRNA显著不同,并有较大比例的外显子在后者中不表达。通过生物信息学分析,揭示环形可变剪接涉及不同于mRNA的剪接因子,表明环形RNA可变剪接可能受到与已知机制不同的调控作用。该研究为环形RNA形成机制和功能的研究提供了新的角度。

  该工作由赵方庆课题组的高远、王金锋与郑毅等共同完成,并得到国家自然科学基金委和中科院的经费支持。



文章来源:北京生命科学研究院    发布时间:2016-06-29 (责任编辑:叶瑞优)
赵方庆,博士,研究员。中科院“百人计划”入选者。2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位,研究方向为海洋微藻的进化基因组学。在此期间获得了中国科学院院长特别奖(2006),中国科学院优秀博士论文(2007),国家海洋科学技术奖一等奖(2012)。2006年7月至2010年底在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心,从事计算生物学和基因组学的研究工作。2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员,主要研究方向是计算基因组学。现为中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长、中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任委员、副秘书长。生物信息学国际刊物《Briefings in Bioinformatics》、《Hereditas》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》编委。2012年获得中国科学院“科技创新交叉与合作团队”计划的资助,成立了“计算基因组学”交叉合作团队。承担国家自然科学基金3项,中科院知识创新工程资助课题1项和中科院院长特别奖基金1项。目前,以第一作者或通讯作者身份在生物信息学和基因组学领域国际刊物发表学术论文40余篇。
研究领域:基因组变异与精准医学、环形非编码RNA组学 、宏基因组技术与人体健康。
阅微基因提供宏基因组测序、微生物基因组测序、16S/ITS测序、长链非编码RNA(LncRNA)测序、单细胞测序、长链非编码RNA(LncRNA)测序、基因组测序、小RNA测序、外显子组测序等高通量测序服务,并特聘中科院北京生命科学园博士赵方庆为科研技术部专家,为用户提供专业的个性化分析服务。

环形RNA中的可变剪接

环形RNA中的可变剪接

环形RNA的识别及表达分析

环形RNA的识别及表达分析
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共 0 个关于【北京生科院在环形RNA研究领域取得新进展】的回复 最后回复于 2016-7-21 14:21

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