一键导航
您当前所在位置:乐研生物 生物圈 技术交流 分子生物学
0 951
生物研友

微卫星引物开发攻略

liuanna 于 2016-6-21 12:03 发表 [复制链接]

微卫星标记(microsatellite),又称为短串联重复序列(short tandem repeats,STRs)或简单重复序列(simple sequence repeats),是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列,由2~6个核苷酸的串联重复片段构成,由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富,因此微卫星标记的应用非常广泛。

微卫星DNA 是真核生物基因组重复序列中的主要组成部分,主要由串联重复单元组成,每单元长度在1-10bp 之间,1 个SSR 的总长度可达几十到几百个bp。每个微卫星DNA 都由核心序列和侧翼序列组成,其核心序列呈串联重复排列。侧翼DNA 序列位于核心序列的两端,为保守的特异单拷贝序列,能使微卫星特异地定位于染色体常染色质区的特定部位。PCR扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,如荧光标记、银染。 微卫星存在于大多数生物的基因组中,被广泛的应用于遗传杂交育种和绘制染色体遗传图谱等领域。高度多态的微卫星还可以用来在人群进行个体识别。

微卫星标记应用广泛,但是由于许多物种目前的全基因组序列尚未公布,因此无法根据序列进行微卫星引物开发,而SSR引物对SSR分子标记技术的应用至关重要,从而阻碍了科研的进行。

一般来说SSR引物开发有四种途径:

1.相关文献;

2.近缘种的引物;

3.数据库搜索法:利用专门的SSR分析软件,搜索GenBank、EMBLheDDBJ 等公共数据库中的DNA序列和EST序列获得SSR序列,然后设计引物;

4根据从所研究类群基因组文库中筛选出一套SSR位点两翼序列设计引物。

微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。阅微基因基于利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确。

1.SSR引物开发

  通过富集微卫星序列,开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证。

2. 引物筛选

  选取部分代表性样本,利用普通引物进行PCR扩增,然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息。

3.样本批量扩增

  用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR/ROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。

4.测序仪检测

  带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据。

5.原始数据分析

  编制panel和bin等文件,使用正版GeneMapper v4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息)。

6.群体遗传学分析

  利用生物信息学软件(POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等)对上述数据进行进一步分析,绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

分享到:

乐研生物版权申明
©本文源自乐研生物,转载请注明©
如该文侵犯了您的版权,请联系管理员

共 0 个关于【微卫星引物开发攻略】的回复 最后回复于 2016-6-21 12:03

您需要登录后才可以回帖 登录 | 加入乐研 qq_login

本版积分规则

发新帖

版块推荐乐研BOX

关注乐研生物微信 关注乐研生物微博 扫描关注乐研生物微信/微博
Copyright (C) 2012-2019 www.loybio.com, All rights reserved
Powered by Discuz!   渝ICP备12003567号-4
请勿发布违反中华人民共和国法律法规的言论,会员观点不代表乐研生物官方立场。
beian

渝公网安备 50010602500619号

返回顶部
手机端微信扫描,关注乐研生物微信

关注乐研生物微信
体验移动化生物科研

关注乐研官方微信 快速回复 返回列表