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SNP(全称Single Nucleotide Polymorphisms)即单核苷酸多态性,主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换等。SNP定位分类:可分为基因编码区、基因周边以及基因间SNP等三类;包括UTR区、编码区的外显子或内含子区、可变剪切位点等等。

SNP是人类可遗传变异中最常见的一种,占所有已知多态性的90%以上,所以SNP的应用范围较微卫星标记更加广泛,在群体遗传学、生态环境学、制药业、法医学、癌症及遗传性疾病甚至进化方面的研究都有不同程度的应用。研究人员希望通过SNP的研究,更深刻地认识癌症、糖尿病、血管性疾病和某些精神性疾病等多基因疾病的发生机制,主要应用有:

确定基因多态性和疾病的关系   

解释个体间的表型差异对疾病的易感程度
对未来疾病做出诊断
研究不同基因型个体对药物反应的差异,指导药物开发及临床合理用药
个体间SNP千差万别,通过SNP检测等技术进行法医鉴定及个体识别   
SNP的研究前期通常基于下一代测序(NGS)技术对大量样本进行全基因组测序,通过与参考序列的比对发现并构建SNP数据库,之后对数据库中大量的SNP进行验证,并经过统计学分析找到少量与疾病或性状关联的SNPs。目前对SNP进行验证检测的方法主要有:

1、扩增测序
   原理:[url=]Sanger[/url]测序
   特点:方法稳定,可靠,通量低,成本高

2、Snapshot检测
原理:基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术,也称小测序。在体系中加入测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5,端的延伸引物和PCR产物模板,PCR扩增过程中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI测序仪电泳后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
特点:a)采用多重单碱基检测技术,每次可以检测10~20个位点,通量高,速度快
         b)同时检测基因组任何位置上的SNP位点,且数据完整性高
         c)基于3730xl测序仪平台的检测技术,直接得到位点的碱基组成,检测结果直观、稳定、可靠
d)价格比较低廉
3、Mass ARRAY
原理:该技术基于Sequenom质谱仪平台,通过PCR扩增出含有SNP位点的一段DNA(SNP位点前后各50bp左右),用SAP酶去除掉PCR 体系中剩余的脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP),加入一单碱基延伸引物,其3’末端碱基紧挨SNP位点,采用四种ddNTP替代dNTP,这样,探针在SNP位点处仅延伸一个碱基,连接上的ddNTP与SNP位点的等位基因对应,树脂交换,纯化延伸后产物,用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 检测延伸产物与未延伸引物间的分子量差异,确定该点处碱基。
特点: a) 一次可以检测20-40个位点;通量高,一次可以检测384个样本;
          b) 1管式操作,避免换管,降低被污染的概率;

          c)检测灵敏,可检测pmol级别的物质;

          d)适合大量样本检测,但是有一些SNP位点不适合设计延伸引物,无法检测,且缺失的数据难以补充
4、Taqman探针法
原理:该技术基于实时荧光定量平台,每个SNP位点设计一对Taqman探针,分别标记不同的荧光。5 ’末端携有报告荧光基团, 3’端标有荧光淬灭基团,Taq聚合酶具有外切活性,从而将探针5 ’端连接的荧光分子从探针上切割下来,破坏两荧光分子间的PRET,发出荧光。
特点:a)操作简单、检测速度快、灵敏度高;

   b)一次一般检测1个位点,两个SNP位点之间太近或者SNP序列附近有特殊结构,不易设计探针。
   c)少量样本检测费用高,适合位点少,样本量大的情况。

除了上述几种方法,还有焦磷酸测序、HRM(高分辨率溶解曲线分析技术)、Microarray芯片法,MALDI-Tof,dHPLC(变性高效液相色谱技术)、RFLP,  SSCP,DGGE等。
阅微基因在SNP检测方面有丰富的经验,开展多种不同的检测方法,可根据客户的样本和位点的数量选择最合适的实验方法。每个项目的检出率不低于95%。针对有特殊结果的位点,我们会采用高效的DNA聚合酶,确保每个位点都有实验结果,进一步确保了客户数据的完整性。另外,阅微基因可以针对口腔拭子,唾液等样本提取DNA进行SNP检测分析。在此基础上提供基因分型分析、关联分析、聚类分析、遗传图谱等服务,使客户的研究更顺利。




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共 0 个关于【SNP(单核苷酸多态性)准确性的验证,你造吗?】的回复 最后回复于 2016-6-16 17:47

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